太陽ビール営業部で働く神咲雫は、ある日、新設のワイン事業部への異動を命じられる。世界的なワイン評論家の神咲豊多香の息子でありながら、ワインを飲んだことのない雫。予期せぬ内示に困惑していたところ、豊多香の訃報が届く。豊多香は、雫と、豊多香の養子であり若き天才ワイン評論家の遠峰一青に遺言状を残しこの世を去った。そこには、彼が選んだ偉大なる12本のワインとその頂点に立つ幻の１本“神の雫”を、銘柄および生産年まで言い当てた者に遺産のすべてを譲り渡すと記されていた。ワインの知識がない雫は、偶然知り合ったソムリエ見習いの紫野原みやびに助けを求める。お店のワインセラーで雫とともにワインを探していたみやびは、その最中に商談の鍵を握る幻のワイン、アンリ・ジャイエの『クロ・パラントゥ』を割ってしまう。

アンリ・ジャイエの『クロ・パラントゥ』99年の代わりとなるワインを探すため、銀座の街へと走り出す雫とみやび。みやびの行きつけのワインバーのオーナーソムリエ・藤枝史郎からの紹介で、ある人物に会いに公園へ向かう。その人は、雫が人並以上の嗅覚を持つと察知すると、土の中に埋まっていた“一本”を差し出した。その頃、お店ではオーナー社長の美島壮一郎が、商談相手であるアンヌ・ギルマールと15年ぶりの再会を果たす。美島は、雫とみやびが用意した代わりのワインを飲むと、アンヌの本当の気持ちに気づく。そんな2人の様子を見て、雫も豊多香の遺した“別れのワイン”に興味を持つ。遺言状を渡されてから一週間後、一青とともに“別れのワイン”を口にした雫は、亡き母を思い出し涙を流す。

ワイン事業部への異動を決意した雫。みやびもアドバイザーとしてワイン事業部で働くことになった。“神の雫”と“十二使徒”を探すと決意した雫は、豊多香の相続を担当する弁護士・霧生涼子のもとへ訪れ、預けていた遺言状を読んでいく。そこに現れた一青は雫に、“十二使徒”のひとつに関する記述を、2人同時にひも解いていくのはどうかと提案する。雫も同意すると、2人は霧生から“第一の使徒”の記述を聞いた。産地まで見当がついた一青に対して、全く掴めなかった雫。手掛かりを求めて街を歩いていると、突然花の香りがした。香りの先は画廊で、そこには記憶喪失の画家・水澤カオリによる、彼女の記憶に残る一本のワインの心象風景を描いた絵が飾ってあった。雫は、それが“第一の使徒”のイメージそのものの絵だと感じる。

“第一の使徒”の手掛かりである画家・水澤カオリの失われた記憶の中のワインを探す雫。カオリが夫に止められていたブルゴーニュのワインにヒントがあると考え、美島のフランス料理店でソムリエに扮し、客が頼んだワインを片っ端からテイスティングすることに。そのさなか、客である音楽家の真壁宗助が頼んだワインを口にすると、あることに気づく。後日、カオリは夫の水澤を連れて再びお店に訪れ、雫がサーブしたワインを飲むと、失っていた記憶をようやく取り戻した。このワインが“第一の使徒”だと確信した雫。一方、一青も自身の経験と想像力を通して、99％間違いない“第一の使徒”を探し出していた。2人はあえて試飲せず、それぞれが“第一の使徒”と考えるワインを神咲邸に持ち寄る。

ワイン事業部に本間長介が配属された。イタリアワインのみを保管するセラーを自室に持つほどイタリアワイン好きである本間。しかし、香りをかいだだけでイタリアワインとフランスワインをかぎ分ける嗅覚を持っているようだ。配属されてまもなく、本間は太陽ビールワイン事業部ではイタリアワインのみ扱うことにすると宣言。勝手な方針に苛立った雫は、本間に激しく反抗する。2人の様子を見かねた河原毛とみやびは、イタリアワインとフランスワインの試飲会を実施し、社員にどちらかを選んでもらうのはどうかと提案する。試飲会で出すワインを考えている雫は、ある日、ワインを次々と叩き割っている男性を目撃した。事情を聞くと、一青による酷評の記事のせいで彼の店から客や従業員が消えたと知る。

大口契約のチャンスが舞い込んだワイン事業部。その取引先は、みやびの中学の同級生で初恋相手の高杉であった。高杉は、一流の食材や酒を専門的に扱うスーパーマーケットを開くため、一級シャトー、マルゴーを筆頭に有名高級ワイン限定で揃えてほしいと注文する。ワインの価値を値段や知名度だけで測る高杉の考えに納得がいかない雫と本間。まるで人が変わってしまった高杉を前に、みやびは自分たちで選んだワインと高杉が言う高級ワインを飲み比べて判断してほしいと嘆願する。高杉は、もしマルゴーに程遠いワインを提案されたらみやびを自分の会社に引き抜くことを条件とし、要求を受け入れた。ワイン選びに悩んだ雫たちは、ヒントを得るために、同じくみやびの中学の同級生でワイン専門店を営む石河兄弟のもとへと足を運んだ。

有名なワインだけが一流ではないと高杉に証明するため、ワイン探しに奔走する雫、みやび、本間。雫は一青を頼り、ビッグ・ヴィンテージでありながら平凡な出来のマルゴー75年を見つけることに成功した。同じ年の格下シャトーでマルゴーを上回るワインを探すべくロベールを訪ねると、ワインスクールに手紙を持っていくよう指示を受ける。到着すると、洗い場に連れていかれた3人。ロベールのワイン代金のカタとして洗い物をしながら、テイスティングに使用された500種類以上のボルドーワインの残りを飲むことができたが、納得いく最後の一本は見つからなかった。そんなとき、みやびの携帯に高杉から連絡が入り、2人で食事に行くことに。みやびは、学生時代から変わってしまった高杉に、何があったのかを問い詰める。

“第二の使徒”に関する記述が発表された。手掛かりである“モナ・リザ”をヒントに、それぞれ探し始める雫と一青。神咲邸を訪れた雫は、ミステリー作家の夏八木舞子と再会する。夏八木は雫に、真っ黒のエチケットが貼られた奇妙なワインが届いたと相談する。ワインに添えられていた手紙には「ワインの正体が分からなければ、命はない」という脅迫状ともとれる内容が記載されており、雫はこの謎に挑むことに。後日夏八木の家に訪れ、お土産としてワインを渡すと、「セカンドワインは飲まない」と拒まれてしまう。一方、一青は“第二の使徒”を探すためには“渇き”が必要だと考え、タクラマカン砂漠を彷徨うなか、日本人を母親に持つ女性・ローランに出会う。

出版記念パーティで正体不明のワインを飲み突然倒れた夏八木。病院で意識を取り戻した彼女に対し、雫はわざと夏八木にのみ間違ったワインを飲ませたことを明かす。それを受け、夏八木は自らが毒を飲んだ胸の内を語り始めた。一方、タクラマカン砂漠にいる一青は、ローランとともに盗賊の追手から逃げていた。極限まで“渇き”を求めた一青は氷点下の砂漠で朦朧とする中、ローランが砂の中から見つけたワインを口にし、探し求めていた答えにたどり着く。果たして“第二の使徒”モナ・リザは雫と一青のどちらに微笑むのか。

ワイン事業部に新入部員として木戸竜介が配属された。「ワインは無理」と言い放ち早々に本間を怒らせた木戸を、雫が教育係として面倒を見ることに。「飲む気のない人を、飲みたい気分にさせるワイン」を求め、かつて雫が豊多香のコレクションを盗み飲もうとした軽井沢の別荘へと向かった。別荘の管理人・村越の粋な計らいで、地下のカーヴに入れた2人。何万本ものワインとそこに括り付けられたテイスティングコメントを読み、雫は豊多香に思いを馳せる。東京に戻ると“第三の使徒”の記述が紐解かれるが……。

それぞれが“第三の使徒”と信じるワインを神咲邸に持ち込んだ雫と一青。しかし2人は判断を誤り、ロベールから「両者資格なし」と宣告を受ける。「もう一度チャンスを」と食い下がる2人を見かねたロベールは、3日間の猶予を与えた。『ジゴンダス』を飲み、“第三の使徒”『郷愁』のワインは「グルナッシュの古木というより老木」から造られたワインであると確信した雫。高杉のスーパーで該当するワインを試飲する中、ワインのコルクで造られた古木のオブジェから“第三の使徒”を嗅ぎ取る。一方、一青は“第三の使徒”のヒントを求め、たった1人で3日間を遊園地で過ごしていた。コーヒーカップを見ているうちに、幼少期の記憶へと引き戻されていく。